Алгоритм Ландау-Вишкина (k несовпадений) — различия между версиями

Материал из Викиконспекты
Перейти к: навигация, поиск
(Основная идея)
Строка 34: Строка 34:
 
==Пример==
 
==Пример==
 
Пусть <tex>x = "tram"</tex>, <tex>y = "thetrippedtrap"</tex>, <tex>k = 2</tex>.
 
Пусть <tex>x = "tram"</tex>, <tex>y = "thetrippedtrap"</tex>, <tex>k = 2</tex>.
[[Файл:algorithm-landau-vishkin-tm.jpg|450px|thumb|center|'''tm // todo''']]
+
//todo tm
 
//todo pm
 
//todo pm

Версия 13:06, 15 июня 2014

Постановка задачи

Дано число [math]k \gt 0[/math] текст [math]y[1...n][/math] и образец [math]x[1...m][/math], [math]m \lt n[/math]. Требуется найти все подстроки текста длины [math]m[/math], с не более чем [math]k[/math] несовпадающими символами.

Основная идея

При анализе текста используется двумерный массив [math]tm[0...n-m][1...k+1][/math], содержащий информацию о несовпадениях текста с образцом. По завершении анализа в его [math]i[/math]-й строке содержатся позиции в [math]x[/math] первых [math]k+1[/math] несовпадений между строками [math]x[1...m][/math] и [math]y[i+1...i+m][/math]. Таким образом, если [math]tm[i][v] = s[/math], то [math]y[i+s] \neq x[s][/math], и это [math]v[/math]-е несовпадение между [math]x[1...m][/math] и [math]y[i+1...i+m][/math], считая слева направо. Если число [math]d[/math] несовпадений [math]x[1...m][/math] с подстрокой [math]y[i+1...i+m][/math] меньше [math]k+1[/math], то, начиная с [math]d+1[/math], элементы [math]i[/math]-й строки равны значению по умолчанию [math]m+1[/math].

//todo (рис 1)

Заметим, если [math]tm[i][k+1] = m+1[/math], то подстрока [math]y[i+1...i+m][/math] отличается от образца [math]x[/math] не более, чем на [math]k[/math] символов, и, таким образом, является решением задачи.


Затем образец сканируется параллельно с текстом слева на права по одному символу за раз. На итерации [math]i[/math] с образцом сравнивается подстрока [math]y[i+1...i+m][/math]. [math]j[/math] - обозначим самую правую позицию в тексте, достигнутую за предыдущие итерации, то есть [math]j[/math] является максимальным из чисел [math]r+tm[r, k + 1][/math], где [math]0 \lt = r \lt i[/math]//todo. Если [math]i \lt j[/math], в [math]b[/math] присваивается результат работы [math]merge[/math], которая находит количество несовпадений между [math]x[1... j-i][/math] и [math]y[i+1...j][/math]. Если [math]b[/math] не превышает [math]k[/math], вызывается процедура [math]extend[/math], которая сравнивает подстроки [math]y[j + 1...i + m][/math] и [math]x[j - i + 1...m][/math]. Переменная [math]r[/math] будет рассмотренна ниже.

tm[0...n-m][1...k+1] = m+1 // инициализация
r = 0
j = 0
for i = 0 to n - m
  b = 0
  if i < j
    b = merge(i, r, j) 
  if b < k + 1
    r = i
    extend(i, j, b)

и в случае несовпадения [math]b[/math] увеличивается и таблица текстовых несовпадений обновляется. Если найдено [math]k+1[/math] несовпадений, обработка заканчивается, иначе найдено вхождение образца в подстроке [math]y[i+1...i+m][/math].

Пример

Пусть [math]x = "tram"[/math], [math]y = "thetrippedtrap"[/math], [math]k = 2[/math]. //todo tm //todo pm