Компьютерное зрение в микроскопии — различия между версиями
Sashapff (обсуждение | вклад) |
Sashapff (обсуждение | вклад) |
||
| Строка 3: | Строка 3: | ||
= Задачи компьютерного зрения в микроскопии = | = Задачи компьютерного зрения в микроскопии = | ||
== Классификация клеток == | == Классификация клеток == | ||
| − | Классификация клеток является базовой задачей биомедицины. Многообразие признаков, по которым можно делить клетки, велико, но для некоторых уже существуют готовые архитектуры | + | Классификация клеток является базовой задачей биомедицины. Многообразие признаков, по которым можно делить клетки, велико, но для некоторых уже существуют готовые архитектуры сверточных нейросетей. |
| − | === Определение фазы | + | === Определение фазы клеточного цикла === |
| − | Для определения фазы клеточного цикла, в которой находится клетка, используется сверточная нейросеть, которая | + | Для определения фазы клеточного цикла, в которой находится клетка, используется сверточная нейросеть, которая дает на выходе классификацию каждой клетки, а также визуализирует процесс клеточного цикла. |
| − | [[Файл: | + | [[Файл:Cell cycle classification.webp|center|600px|thumb|Архитектура сверточной нейронной сети для классификации раковых клеток из [https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0213626/ статьи.]]] |
Особенностью работы алгоритма является то, что для работы нейросети необходимо разметить только небольшую часть данных, на основании чего она далее учится размечать самостоятельно. | Особенностью работы алгоритма является то, что для работы нейросети необходимо разметить только небольшую часть данных, на основании чего она далее учится размечать самостоятельно. | ||
=== Идентификация раковых клеток === | === Идентификация раковых клеток === | ||
Версия 16:22, 4 января 2021
Компьютерное зрение помогает автоматизировать обработку изображений, полученных с помощью микроскопии. С появлением сверточных нейронных сетей стало возможным эффективно и с хорошей точностью классифицировать клетки, отслеживать внутриклеточные и межклеточные процессы, сегментировать полученные изображения, улучшать их качество и решать другие задачи без непосредственного участия человека.
Содержание
Задачи компьютерного зрения в микроскопии
Классификация клеток
Классификация клеток является базовой задачей биомедицины. Многообразие признаков, по которым можно делить клетки, велико, но для некоторых уже существуют готовые архитектуры сверточных нейросетей.
Определение фазы клеточного цикла
Для определения фазы клеточного цикла, в которой находится клетка, используется сверточная нейросеть, которая дает на выходе классификацию каждой клетки, а также визуализирует процесс клеточного цикла.
Особенностью работы алгоритма является то, что для работы нейросети необходимо разметить только небольшую часть данных, на основании чего она далее учится размечать самостоятельно.
Идентификация раковых клеток
Для классификации раковых клеток используется сверточная нейронная сеть с архитектурой VGG-16, а также трансферное обучение.
Такая сверточная сеть лучше справляется с задачей классификации клеток по сравнению с экспертом-человеком, особенно на изображениях с недостаточно хорошим качеством.
