Алгоритм Крочемора
Определение: |
Тандемным повтором (tandem repeat) в строке называются два вхождения какой-либо подстроки подряд. Иными словами, тандемный повтор описывается парой индексов | такими, что подстрока — это две одинаковые строки, записанные подряд.
Алгоритм Крочемора (Crochemore algorithm) позволяет найти все тандемные повторы в исходной строке за .
Идея
Разобьем описание алгоритма на две части: сначала покажем упрощенный алгоритм, а затем попытаемся его оптимизировать, в итоге придя к нужному нам результату.
Упрощенный алгоритм
Рассмотрим следующую строку Фиббоначи:
1 | 2 | 3 | 4 | 5 | 6 | 7 | 8 | 9 | 10 | 11 | 12 | 13 | |
a | b | a | a | b | a | b | a | a | b | a | a | b |
Будем вычислять все повторяющиеся подстроки длиной
, где , (здесь и далее ).