Обзор библиотек для машинного обучения на Python
Содержание
Scikit-learn
Описание
Scikit-learn[1] — библиотека машинного обучения на языке программирования Python с открытым исходным кодом. Содержит реализации практически всех возможных преобразований, и нередко ее одной хватает для полной реализации модели. В данной библиотеки реализованы методы разбиения датасета на тестовый и обучающий, вычисление основных метрик над наборами данных, проведение кросс-валидации. В библиотеке также есть основные алгоритмы машинного обучения: линейной регрессии, (и ее модификаций Лассо, гребневой регрессии), опорных векторов, решающих деревьев и лесов и др. Есть и реализации основных методов кластеризации. Кроме того, библиотека содержит постоянно используемые исследователями методы работы с параметрами (фичами): например, понижение размерности методом главных компонент. Частью пакета является библиотека imblearn[2], позволяющая работать с разбалансированными выборками и генерировать новые значения.
Примеры кода
Логистическая регрессия
Основная статья: Логистическая регрессия
Загрузка датасета:
from sklearn.datasets import load_digits digits = load_digits()
Вывод первых трех тренировочных данных для визуализации:
import numpy as np
import matplotlib.pyplot as plt
plt.figure(figsize=(20,4))
for index, (image, label) in enumerate(zip(digits.data[0:3], digits.target[0:3])):
plt.subplot(1, 3, index + 1)
plt.imshow(np.reshape(image, (8,8)), cmap=plt.cm.gray)
plt.title('Training: %i\n' % label, fontsize = 20)
Разбиение датасета на тренировочный и тестовый:
from sklearn.model_selection import train_test_split x_train, x_test, y_train, y_test = train_test_split(digits.data, digits.target, test_size=0.25, random_state=0)
Построение и обучение модели:
from sklearn.linear_model import LogisticRegression lr = LogisticRegression() lr.fit(x_train, y_train) predictions = lr.predict(x_test)
Перцептрон
Основная статья: Нейронные сети, перцептрон
Загрузка датасета:
from sklearn import datasets iris = datasets.load_iris() X = iris.data y = iris.target
Разбиение датасета на тренировочный и тестовый:
from sklearn.model_selection import train_test_split X_train, X_test, y_train, y_test = train_test_split(X, y, test_size = 0.20)
Трансформация признаков:
from sklearn.preprocessing import StandardScaler scaler = StandardScaler() scaler.fit(X_train) X_train = scaler.transform(X_train) X_test = scaler.transform(X_test)
Построение и обучение модели:
from sklearn.neural_network import MLPClassifier mlp = MLPClassifier(hidden_layer_sizes=(10, 10, 10), max_iter=1000) mlp.fit(X_train, y_train.values.ravel()) predictions = mlp.predict(X_test)
Оценка алгоритма:
from sklearn.metrics import classification_report, confusion_matrix print(confusion_matrix(y_test,predictions)) print(classification_report(y_test,predictions))
Theano
Описание
Theano[3] — расширение языка программирования Python, позволяющее эффективно вычислять математические выражения, содержащие многомерные массивы. Библиотека предоставляет базовый набор инструментов для конфигурации нейронных сетей и их обучения. Наибольшее признание данная библиотека получила в задачах машинного обучения при решении задач оптимизации. Она позволяет использовать возможности GPU без изменения кода программы, что делает ее незаменимой при выполнении ресурсоемких задач.
Примеры кода
Логистическая регрессия
Основная статья: Логистическая регрессия.
Реализация логистической регрессии для классификации цифр из датасета MNIST[4]:
from __future__ import print_function
__docformat__ = 'restructedtext en'
import six.moves.cPickle as pickle
import gzip
import os
import sys
import timeit
import numpy
import theano
import theano.tensor as T
class LogisticRegression(object):
def __init__(self, input, n_in, n_out):
self.W = theano.shared(
value=numpy.zeros(
(n_in, n_out),
dtype=theano.config.floatX
),
name='W',
borrow=True
)
self.b = theano.shared(
value=numpy.zeros(
(n_out,),
dtype=theano.config.floatX
),
name='b',
borrow=True
)
self.p_y_given_x = T.nnet.softmax(T.dot(input, self.W) + self.b)
self.y_pred = T.argmax(self.p_y_given_x, axis=1)
self.params = [self.W, self.b]
self.input = input
def negative_log_likelihood(self, y):
return -T.mean(T.log(self.p_y_given_x)[T.arange(y.shape[0]), y])
def load_data(dataset):
data_dir, data_file = os.path.split(dataset)
if data_dir == "" and not os.path.isfile(dataset):
new_path = os.path.join(
os.path.split(__file__)[0],
"..",
"data",
dataset
)
if os.path.isfile(new_path) or data_file == 'mnist.pkl.gz':
dataset = new_path
if (not os.path.isfile(dataset)) and data_file == 'mnist.pkl.gz':
from six.moves import urllib
origin = (
'http://www.iro.umontreal.ca/~lisa/deep/data/mnist/mnist.pkl.gz'
)
print('Downloading data from %s' % origin)
urllib.request.urlretrieve(origin, dataset)
with gzip.open(dataset, 'rb') as f:
try:
train_set, valid_set, test_set = pickle.load(f, encoding='latin1')
except:
train_set, valid_set, test_set = pickle.load(f)
def shared_dataset(data_xy, borrow=True):
data_x, data_y = data_xy
shared_x = theano.shared(numpy.asarray(data_x,
dtype=theano.config.floatX),
borrow=borrow)
shared_y = theano.shared(numpy.asarray(data_y,
dtype=theano.config.floatX),
borrow=borrow)
return shared_x, T.cast(shared_y, 'int32')
test_set_x, test_set_y = shared_dataset(test_set)
valid_set_x, valid_set_y = shared_dataset(valid_set)
train_set_x, train_set_y = shared_dataset(train_set)
rval = [(train_set_x, train_set_y), (valid_set_x, valid_set_y),
(test_set_x, test_set_y)]
return rval
def sgd_optimization_mnist(learning_rate=0.13, n_epochs=1000,
dataset='mnist.pkl.gz',
batch_size=600):
datasets = load_data(dataset)
train_set_x, train_set_y = datasets[0]
valid_set_x, valid_set_y = datasets[1]
test_set_x, test_set_y = datasets[2]
n_train_batches = train_set_x.get_value(borrow=True).shape[0]
n_valid_batches = valid_set_x.get_value(borrow=True).shape[0]
n_test_batches = test_set_x.get_value(borrow=True).shape[0]
index = T.lscalar()
x = T.matrix('x')
y = T.ivector('y')
classifier = LogisticRegression(input=x, n_in=28 * 28, n_out=10)
cost = classifier.negative_log_likelihood(y)
test_model = theano.function(
inputs=[index],
outputs=classifier.errors(y),
givens={
x: test_set_x[index * batch_size: (index + 1) * batch_size],
y: test_set_y[index * batch_size: (index + 1) * batch_size]
}
)
validate_model = theano.function(
inputs=[index],
outputs=classifier.errors(y),
givens={
x: valid_set_x[index * batch_size: (index + 1) * batch_size],
y: valid_set_y[index * batch_size: (index + 1) * batch_size]
}
)
g_W = T.grad(cost=cost, wrt=classifier.W)
g_b = T.grad(cost=cost, wrt=classifier.b)
updates = [(classifier.W, classifier.W - learning_rate * g_W),
(classifier.b, classifier.b - learning_rate * g_b)]
train_model = theano.function(
inputs=[index],
outputs=cost,
updates=updates,
givens={
x: train_set_x[index * batch_size: (index + 1) * batch_size],
y: train_set_y[index * batch_size: (index + 1) * batch_size]
}
)
patience = 5000
patience_increase = 2
improvement_threshold = 0.995
validation_frequency = min(n_train_batches, patience // 2)
best_validation_loss = numpy.inf
test_score = 0.
start_time = timeit.default_timer()
done_looping = False
epoch = 0
while (epoch < n_epochs) and (not done_looping):
epoch = epoch + 1
for minibatch_index in range(n_train_batches):
minibatch_avg_cost = train_model(minibatch_index)
iter = (epoch - 1) * n_train_batches + minibatch_index
if (iter + 1) % validation_frequency == 0:
validation_losses = [validate_model(i)
for i in range(n_valid_batches)]
this_validation_loss = numpy.mean(validation_losses)
print(
'epoch %i, minibatch %i/%i, validation error %f %%' %
(
epoch,
minibatch_index + 1,
n_train_batches,
this_validation_loss * 100.
)
)
if this_validation_loss < best_validation_loss:
if this_validation_loss < best_validation_loss * \
improvement_threshold:
patience = max(patience, iter * patience_increase)
best_validation_loss = this_validation_loss
test_losses = [test_model(i)
for i in range(n_test_batches)]
test_score = numpy.mean(test_losses)
print(
(
' epoch %i, minibatch %i/%i, test error of'
' best model %f %%'
) %
(
epoch,
minibatch_index + 1,
n_train_batches,
test_score * 100.
)
)
with open('best_model.pkl', 'wb') as f:
pickle.dump(classifier, f)
if patience <= iter:
done_looping = True
break
end_time = timeit.default_timer()
print(
(
'Optimization complete with best validation score of %f %%,'
'with test performance %f %%'
)
% (best_validation_loss * 100., test_score * 100.)
)
print('The code run for %d epochs, with %f epochs/sec' % (
epoch, 1. * epoch / (end_time - start_time)))
print(('The code for file ' +
os.path.split(__file__)[1] +
' ran for %.1fs' % ((end_time - start_time))), file=sys.stderr)
def predict():
classifier = pickle.load(open('best_model.pkl'))
predict_model = theano.function(
inputs=[classifier.input],
outputs=classifier.y_pred)
dataset='mnist.pkl.gz'
datasets = load_data(dataset)
test_set_x, test_set_y = datasets[2]
test_set_x = test_set_x.get_value()
predicted_values = predict_model(test_set_x[:10])
print("Predicted values for the first 10 examples in test set:")
print(predicted_values)
if __name__ == '__main__':
sgd_optimization_mnist()
Tensorflow
Описание
Tensorflow[5] — библиотека, разработанная корпорацией Google для работы с тензорами, используется для построения нейронных сетей. Поддержка вычислений на видеокартах имеет поддержку языка программирования C++. На основе данной библиотеки строятся более высокоуровневые библиотеки для работы с нейронными сетями на уровне целых слоев. Так, некоторое время назад популярная библиотека Keras стала использовать Tensorflow как основной бэкенд для вычислений вместо аналогичной библиотеки Theano. Для работы на видеокартах NVIDIA используется библиотека cuDNN. Если вы работаете с картинками (со сверточными нейросетями), скорее всего, придется использовать данную библиотеку.
Примеры кода
Сверточная нейронная сеть
Основная статья: Сверточные нейронные сети.
Реализация сверточной нейронной сети для классификации цифр из датасета MNIST:
from __future__ import division, print_function, absolute_import
import tensorflow as tf
# Import MNIST data
from tensorflow.examples.tutorials.mnist import input_data
mnist = input_data.read_data_sets("/tmp/data/", one_hot=True)
# Training Parameters
learning_rate = 0.001
num_steps = 200
batch_size = 128
display_step = 10
# Network Parameters
num_input = 784 # MNIST data input (img shape: 28*28)
num_classes = 10 # MNIST total classes (0-9 digits)
dropout = 0.75 # Dropout, probability to keep units
# tf Graph input
X = tf.placeholder(tf.float32, [None, num_input])
Y = tf.placeholder(tf.float32, [None, num_classes])
keep_prob = tf.placeholder(tf.float32) # dropout (keep probability)
# Create some wrappers for simplicity
def conv2d(x, W, b, strides=1):
# Conv2D wrapper, with bias and relu activation
x = tf.nn.conv2d(x, W, strides=[1, strides, strides, 1], padding='SAME')
x = tf.nn.bias_add(x, b)
return tf.nn.relu(x)
def maxpool2d(x, k=2):
# MaxPool2D wrapper
return tf.nn.max_pool(x, ksize=[1, k, k, 1], strides=[1, k, k, 1],
padding='SAME')
# Create model
def conv_net(x, weights, biases, dropout):
# MNIST data input is a 1-D vector of 784 features (28*28 pixels)
# Reshape to match picture format [Height x Width x Channel]
# Tensor input become 4-D: [Batch Size, Height, Width, Channel]
x = tf.reshape(x, shape=[-1, 28, 28, 1])
# Convolution Layer
conv1 = conv2d(x, weights['wc1'], biases['bc1'])
# Max Pooling (down-sampling)
conv1 = maxpool2d(conv1, k=2)
# Convolution Layer
conv2 = conv2d(conv1, weights['wc2'], biases['bc2'])
# Max Pooling (down-sampling)
conv2 = maxpool2d(conv2, k=2)
# Fully connected layer
# Reshape conv2 output to fit fully connected layer input
fc1 = tf.reshape(conv2, [-1, weights['wd1'].get_shape().as_list()[0]])
fc1 = tf.add(tf.matmul(fc1, weights['wd1']), biases['bd1'])
fc1 = tf.nn.relu(fc1)
# Apply Dropout
fc1 = tf.nn.dropout(fc1, dropout)
# Output, class prediction
out = tf.add(tf.matmul(fc1, weights['out']), biases['out'])
return out
# Store layers weight & bias
weights = {
# 5x5 conv, 1 input, 32 outputs
'wc1': tf.Variable(tf.random_normal([5, 5, 1, 32])),
# 5x5 conv, 32 inputs, 64 outputs
'wc2': tf.Variable(tf.random_normal([5, 5, 32, 64])),
# fully connected, 7*7*64 inputs, 1024 outputs
'wd1': tf.Variable(tf.random_normal([7*7*64, 1024])),
# 1024 inputs, 10 outputs (class prediction)
'out': tf.Variable(tf.random_normal([1024, num_classes]))
}
biases = {
'bc1': tf.Variable(tf.random_normal([32])),
'bc2': tf.Variable(tf.random_normal([64])),
'bd1': tf.Variable(tf.random_normal([1024])),
'out': tf.Variable(tf.random_normal([num_classes]))
}
# Construct model
logits = conv_net(X, weights, biases, keep_prob)
prediction = tf.nn.softmax(logits)
# Define loss and optimizer
loss_op = tf.reduce_mean(tf.nn.softmax_cross_entropy_with_logits(
logits=logits, labels=Y))
optimizer = tf.train.AdamOptimizer(learning_rate=learning_rate)
train_op = optimizer.minimize(loss_op)
# Evaluate model
correct_pred = tf.equal(tf.argmax(prediction, 1), tf.argmax(Y, 1))
accuracy = tf.reduce_mean(tf.cast(correct_pred, tf.float32))
# Initialize the variables (i.e. assign their default value)
init = tf.global_variables_initializer()
# Start training
with tf.Session() as sess:
# Run the initializer
sess.run(init)
for step in range(1, num_steps+1):
batch_x, batch_y = mnist.train.next_batch(batch_size)
# Run optimization op (backprop)
sess.run(train_op, feed_dict={X: batch_x, Y: batch_y, keep_prob: 0.8})
if step % display_step == 0 or step == 1:
# Calculate batch loss and accuracy
loss, acc = sess.run([loss_op, accuracy], feed_dict={X: batch_x,
Y: batch_y,
keep_prob: 1.0})
print("Step " + str(step) + ", Minibatch Loss= " + \
"{:.4f}".format(loss) + ", Training Accuracy= " + \
"{:.3f}".format(acc))
print("Optimization Finished!")
# Calculate accuracy for 256 MNIST test images
print("Testing Accuracy:", \
sess.run(accuracy, feed_dict={X: mnist.test.images[:256],
Y: mnist.test.labels[:256],
keep_prob: 1.0}))
Keras
Описание
Keras[6] — библиотека для построения нейронных сетей, поддерживающая основные виды слоев и структурные элементы. Поддерживает как рекуррентные, так и сверточные нейросети, имеет в своем составе реализацию известных архитектур нейросетей (например, VGG16). Некоторое время назад слои из данной библиотеки стали доступны внутри библиотеки Tensorflow. Существуют готовые функции для работы с изображениями и текстом. Интегрирована в Apache Spark с помощью дистрибутива dist-keras. Данная библиотека позволяет на более высоком уровне работать с нейронными сетями. В качестве библиотеки для бэкенда может использоваться как Tensorflow, так и Theano.
Примеры кода
Сверточная нейронная сеть
Основная статья: Сверточные нейронные сети.
Реализация сверточной нейронной сети для классификации текста:
from __future__ import print_function
from keras.preprocessing import sequence
from keras.models import Sequential
from keras.layers import Dense, Dropout, Activation
from keras.layers import Embedding
from keras.layers import Conv1D, GlobalMaxPooling1D
from keras.datasets import imdb
# set parameters:
max_features = 5000
maxlen = 400
batch_size = 32
embedding_dims = 50
filters = 250
kernel_size = 3
hidden_dims = 250
epochs = 2
(x_train, y_train), (x_test, y_test) = imdb.load_data(num_words=max_features)
print(len(x_train), 'train sequences')
print(len(x_test), 'test sequences')
print('Pad sequences (samples x time)')
x_train = sequence.pad_sequences(x_train, maxlen=maxlen)
x_test = sequence.pad_sequences(x_test, maxlen=maxlen)
print('x_train shape:', x_train.shape)
print('x_test shape:', x_test.shape)
model = Sequential()
model.add(Embedding(max_features,
embedding_dims,
input_length=maxlen))
model.add(Dropout(0.2))
model.add(Conv1D(filters,
kernel_size,
padding='valid',
activation='relu',
strides=1))
model.add(GlobalMaxPooling1D())
model.add(Dense(hidden_dims))
model.add(Dropout(0.2))
model.add(Activation('relu'))
model.add(Dense(1))
model.add(Activation('sigmoid'))
model.compile(loss='binary_crossentropy',
optimizer='adam',
metrics=['accuracy'])
model.fit(x_train, y_train,
batch_size=batch_size,
epochs=epochs,
validation_data=(x_test, y_test))
