Изменения

К сожалению, в реальности есть очень много проблем (кроме того, что алгоритм работает за <tex> O(4^l \cdot l) </tex>). Во-первых, как можно догадаться из пояснения: едва ли риды обязательно будут неповторяющимися. Во-вторых, данные о ридах тоже получаются с некоторой вероятностью (как правило, ошибка в нуклеотиде имеет вероятность около 0.001, но вблизи "края" генома может достигать и 0.3). В-третьих, риды не могут иметь фиксированную длину. Таким образом, задача решается за экспоненциальное время, и с довольно жёсткими условиями на входные данные. Однако многие реальные ''ассемблеры'', собирающие геномы (или их части, заметно превышающие размер рида), действительно используют идеи графа де Брюина, но более усложнённые.