Преобразование Барроуза-Уилера — различия между версиями

Материал из Викиконспекты
Перейти к: навигация, поиск
(Описание алгоритма)
Строка 332: Строка 332:
 
   print(s[j])
 
   print(s[j])
 
   j = t[j]
 
   j = t[j]
 +
 +
== Дополнительно ==
 +
 +
* bzip2 использует преобразование Барроуза-Уилера для превращения последовательностей многократно чередующихся символов в строки одинаковых символов, затем применяет преобразование MTF (англ. move-to-front), и в конце кодирование Хаффмана.
  
 
== Ссылки ==
 
== Ссылки ==

Версия 00:24, 12 июня 2012

Определение

Определение:
QQ


Описание алгоритма

Преобразование выполняется в три этапа.

  • Cоставить таблицу всех циклических сдвигов входной строки.
  • Производится лексикографическую (в алфавитном порядке) сортировку строк таблицы.
  • В качестве выходной строки выбрать последний столбец таблицы преобразования и номер строки, совпадающей с исходной.

Пример работы алгоритма

Пусть нам дана исходная строка [math]s = [/math]"ABACABA".

Трансформация
Вход Все
Перестановки
Сортировка
Строк
Выход
ABACABA
ABACABA
BACABAA
ACABAAB
CABAABA
ABAABAC
BAABACA
AABACAB
AABACAB
ABAABAC
ABACABA
ACABAAB
BAABACA
BACABAA
CABAABA 
BCABAAA

Результат можно записать так: [math]BWT(s)=[/math]("BCABAAA", 3), где 3 - это номер исходной строки в отсортированной матрице, так как он нужен для обратного преобразования.


Следует заметить, что иногда в исходной строке приводится, так называемый, символ конца строки $, который в преобразовании будет считаться последним (максимальным) символом, тогда сохранение номера исходной строки не требуется.


Пусть нам дана исходная строка [math]s = [/math]"ABACABA$".

Трансформация
Вход Все
Перестановки
Сортировка
Строк
Выход
ABACABA$
ABACABA$
BACABA$A
ACABA$AB
CABA$ABA
ABA$ABAC
BA$ABACA
A$ABACAB
$ABACABA
ABACABA$
ABA$ABAC
ACABA$AB
A$ABACAB
BACABA$A
BA$ABACA
CABA$ABA 
$ABACABA
$CBBAAAA


При аналогичном вышеприведённом преобразовании та строчка в матрице, которая будет заканчиваться на символ конца строки и будет исходной: ("ABACABA$"). Тогда результат можно записать так: [math]BWT(s)=[/math]"$CBBAAAA".

Обратное преобразование

Наивный алгоритм

Пусть нам дано: [math]BWT(s)=[/math]("BCABAAA", 3). Тогда выпишем в столбик нашу преобразованную последовательность символов "BCABAAA". Запишем её как последний столбик предыдущей матрицы (при прямом преобразовании Барроуза — Уилера), при этом все предыдущие столбцы оставляем пустыми. Далее построчно отсортируем матрицу, затем в предыдущий столбец запишем "BCABAAA". Опять построчно отсортируем матрицу. Продолжая таким образом, можно восстановить полный список всех циклических перестановок строки, которую нам надо найти. Выстроив полный отсортированный список перестановок, выберем строку с номером, который нам был изначально дан. В итоге мы получим искомую строку. Алгоритм обратного преобразования описан в таблице ниже:

Обратное преобразование
Вход
BCABAAA
Добавление 1 Сортировка 1 Добавление 2 Сортировка 2 Добавление 3 Сортировка 3 Добавление 4
B
C
A
B
A
A
A
A
A
A
A
B
B
C
BA
CA
AA
BA
AB
AB
AC
AA
AB
AB
AC
BA
BA
CA
BAA
CAB
AAB
BAC
ABA
ABA
ACA
AAB
ABA
ABA
ACA
BAA
BAC
CAB
BAAB
CABA
AABA
BACA
ABAA
ABAC
ACAB
Сортировка 4 Добавление 5 Сортировка 5 Добавление 6 Сортировка 6 Добавление 7 Сортировка 7
AABA
ABAA
ABAC
ACAB
BAAB
BACA
CABA
BAABA
CABAA
AABAC
BACAB
ABAAB
ABACA
ACABA
AABAC
ABAAB
ABACA
ACABA
BAABA
BACAB
CABAA
BAABAC
CABAAB
AABACA
BACABA
ABAABA
ABACAB
ACABAA
AABACA
ABAABA
ABACAB
ACABAA
BAABAC
BACABA
CABAAB
BAABACA
CABAABA
AABACAB
BACABAA
ABAABAC
ABACABA
ACABAAB
AABACAB
ABAABAC
ABACABA
ACABAAB
BAABACA
BACABAA
CABAABA
Результат
ABACABA

Следует также заметить, что если нам было бы дано [math]BWT(s)=[/math]"$CBBAAAA", то мы также получили бы нашу исходную строку, только с символом конца строки $ на конце: ABACABA$.

Как несложно посчитать сложность данного алгоритма [math]O(N^3logN) [/math], также он требует [math]O(N^2)[/math] памяти.

Оптимизация

Однако, данный алгоритм можно оптимизировать. Заметим, что при каждом проявлении неизвестного столбца выполнялись одни и те же действия. Мы приписывали новый столбец и сортировали имеющиеся данные. На каждом шагу мы к строке, которая находилась на [math] i [/math]-ом месте приписываем в начало [math] i [/math] -ый элемент столбца входных данных. Пусть изначально мы знаем каким по порядку является приписанный нами в начало символ (то есть каким по порядку в столбце). И конечно же мы знаем исходя из предыдущего шага какое место занимала наша строка без этого первого символа ([math] i [/math] -ое). Тогда несложно заметить, что при выполнении такой операции строка с номером [math] i [/math] всегда будет перемещаться на позицию с номером [math] j [/math].

0 а       р 9
1 а д 7
2 а a 0
3 а к 8
4 а р 10
5 б a 1
6 б a 2
7 д a 3
8 к a 4
9 р б 5
10 р б 6

Здесь слева это отсортированный данный столбец, чтобы мы знали какое место в лексикографическом порядке занимает приписываемый нами символ среди всех элементов данного нам изначально столбца. Справа - изначально данный столбец и соответствующее ему число. Поскольку мы в нашем алгоритме новый столбец приписываем в начало, то мы из состояния [math] i [/math] (левый столбец) переходим в состояние [math] j [/math] (правый). Для того, чтобы восстановить строку, нам необходимо от последней такой цифры по пути из [math] j [/math] в [math] i [/math] восстановить строку.

6 10 4 8 3 7 1 5 9 0 2
а б р а к а д а б р а

Сложность оптимизированного алгоритма

Данный алгоритм работает за [math]O(NlogN)[/math] действий и требует [math]O(N)[/math] памяти. Однако, если размер алфавита не очень большой, то для выяснения первого столбца матрицы можно использовать сортировку подсчетом, в этом случае алгоритм работает за [math]O(N+M)[/math] действий и требует [math]O(N+M)[/math] памяти, где [math]M[/math] — размер алфавита.

Псевдокод оптимизированного алгоритма

Пусть [math] N [/math] — количество символов во входной строке, [math] M [/math] — количество символов в алфавите, [math] k [/math] — номер исходной строки в матрице перестановок, [math] s [/math] — входящая строка, [math] count [/math] — массив для сортировки подсчетом, [math] t [/math] — вектор обратного преобразования, [math] x [/math] — номер данной нам строки в таблице.

// Cчитаем частоты символов
for i = 0 .. M 
  count[i] = 0
for i = 0 .. N 
  count[s[i]]++
// Упорядочиваем символы, чтобы получить первый столбец исходной матрицы
// count[i] указывает на первую позицию символа i в первом столбце
sum = 0
for i = 0 .. M
  sum = sum + count[i]
  count[i] = sum - count[i]
// Cоздаем вектор обратного преобразования
for i = 0 .. N
  t[count[s[i]]] = i
  count[s[i]]++
// И восстанавливаем исходный текст
j = t[x]
for i = 0 .. N
  print(s[j])
  j = t[j]

Дополнительно

  • bzip2 использует преобразование Барроуза-Уилера для превращения последовательностей многократно чередующихся символов в строки одинаковых символов, затем применяет преобразование MTF (англ. move-to-front), и в конце кодирование Хаффмана.

Ссылки