Изменения

Для кодирования молекулярной структуры существует специальная нотация SMILES (Simplified Molecular Input Line Entry System, с англ. — «система упрощённого представления молекул в строке ввода») {{---}} система правил для однозначного описания состава и структуры молекулы химического вещества с использованием строки символов(рис. 10). Таким образом, задача моделей состоит в генерации строки, правильной с точки зрения SMILES. Стоит отметить, что есть возможность сгенерировать правильные SMILES-строки с точки зрения синтаксиса, но не правильные по валентности<ref>[https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%92%D0%B0%D0%BB%D0%B5%D0%BD%D1%82%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C Википедия: Валентность]</ref> (например, утом углерода не может иметь валентность больше, чем 4, но можно сгенерировать SMILES, где валентность углерода {{---}} 5.)

Для генерации молекулярных структур используют [[Generative Adversarial Nets (GAN)|генеративные состязательные сети]] (рис. 1011). Общую идею подхода можно описать так {{---}} предлагается генерировать различные молекулярные структуры в формате SMILES-строки (это делает генератор), а уже потом проверять, действительно ли их можно использовать как лекарство и насколько сложно их синтезировать (это делает дискриминатор {{---}} пытается отличить сгенерированный SMILES от настоящего). Часто дискриминатор  Дискриминатор обычно проверяет схожесть с лекарственнымы средствами (по свойствам растворимостинабору физических свойств, таких как растворимость<ref>[https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%A0%D0%B0%D1%81%D1%82%D0%B2%D0%BE%D1%80%D0%B8%D0%BC%D0%BE%D1%81%D1%82 Википедия: Растворимость]</ref>, гидрофильностигидрофильность<ref>[https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%93%D0%B8%D0%B4%D1%80%D0%BE%D1%84%D0%B8%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C Википедия: Гидрофильность]</ref>, липофильностилипофильность<ref>[https://ru.wikipedia.org/wiki/%D0%9B%D0%B8%D0%BF%D0%BE%D1%84%D0%B8%D0%BB%D1%8C%D0%BD%D0%BE%D1%81%D1%82%D1%8C Википедия: Липофильность]</ref>) и синтезируемость данного SMILES (по валентностям атомов, крастности связей, заряду молекулы). Таким образом, задача генератора {{---}} сгенерировать такую строку SMILES для молекулы, чтобы дискриминатор не отличил ее от настоящей. Архитектура дискриминатора чаще всего остается очень похожей на архитектуру обычной сети, предсказывающей молекулярные свойства. Таким образом, в качестве дискриминатора часто используются графовые или сверточные нейронные сети. Для генератора же часто используют [[Долгая краткосрочная память|механизм долгой краткосрочной памяти]], чтобы сеть помнила, какие части уже были сгенерированы , и отталкивалась от них.