Алгоритм Фараха

Алгоритм Фарача (Martin Farach,(1997)) — алгоритм построения суффиксного дерева для заданной строки [math]s[/math] длины [math]N[/math]. Сам алгоритм выполняется за время [math]O(N)[/math], причём даже не требуется выполнение условия конечности алфавита. Такая эффективность достигается за счет того, что строковые последовательности определяются на индексированном алфавите или, что эквивалентно, на целочисленном алфавите [math]\Sigma = \{1, 2 \dots , k\}[/math]. При этом накладывается дополнительное условие, что [math]k = O(N)[/math]. Такие алфавиты часто встречаются на практике. Важно помнить, что алгоритм скорее теоретический, чем практический, а основная ценность его заключается в том, что размер алфавита может быть произвольным.

Описание алгоритма

Идея алгоритма заключается в том, что мы уменьшаем размер исходной строки, строим суффиксное дерево для неё рекурсивно, а потом получаем из построенного дерево для текущей строки. Для этого мы разбиваем символы исходной строки на пары и нумеруем их, а из полученных номеров составляем новую строку, которая уже в [math]2[/math] раза короче.

Алгоритм Фарача будет описан в виде пяти выполняемых шагов. Используем в качестве примера строку [math]s = 121112212221[/math], определенную на алфавите [math]\Sigma = \{1, 2\} [/math] (в этом примере [math]N = 12[/math]).

Шаг 1: суффиксное дерево для сжатой строки

суффиксное дерево для сжатой строки

• Строка [math]s[/math] разбивается на пары подряд идущих символов: [math] \langle 12\rangle \langle 11\rangle \langle 12\rangle \langle 21\rangle \langle 22\rangle \langle 21\rangle [/math]

  (если символов нечетное число — последняя пара дополняется специальным символом [math]\$[/math])

• Пары сортируются устойчивой сотрировкой (удобно сортировать поразрядной, так как число разрядов мало, размер алфавита — [math]O(n)[/math], то время работы сортировки — линейное): [math] \langle 11 \rangle \langle 12\rangle \langle 12\rangle \langle 21\rangle \langle 21\rangle \langle22\rangle [/math].
• Удаляются копии: [math] \langle 11\rangle \langle 12\rangle \langle 21\rangle \langle 22\rangle [/math].
• Парам даются номера (условно, в массиве они и так есть): [math]\langle 11 \rangle -(0), \langle 12\rangle -(1), \langle 21\rangle - (2), \langle 22\rangle-(3)[/math]
• В исходной строке пары заменяются на номера: [math]1 0 1 2 3 2[/math]
• Из полученной строки вдвое меньшего размера рекурсивно создаётся суффикcное дерево тем же алгоритмом:
• рекурсия не продолжается, если строка имеет длину [math]1[/math]: суффиксное дерево строится тривиально.

Шаг 2: построение чётного дерева

Определение:

Четное дерево [math]T^{even}_s[/math] является деревом суффиксов для строки [math]s[/math], узлы-листья которого ограничены четными позициями [math]0,2,4,6, \dots [/math] строки [math]s\$[/math].

Раскрываем все пары в суффиксы

Корректируются все развилки дерева (так как они могут совпадать в первых символах)

Из дерева сжатой строки получаем частичное (чётное) дерево исходной строки. Частичное оно потому, что в нём будет только половина суффиксов, то есть те, которые стоят в чётных позициях.

Номер каждой пары превращается в номер четного суффикса исходной строки. Раскрываем все пары в суффиксы, а номера в листьях от этого умножатся на [math]2[/math] очевидным образом:

Корректируются все развилки дерева (так как они могут совпадать в первых символах): для всех внутренних вершин [math]u[/math], ребра всех детей которых начинаются с одинаковых символов, мы создадим новую вершину между [math]u[/math] и ее детьми. Это можно сделать быстро, так как все ребра, исходящие из любой вершины, лексикографически отсортированы по своим первым двум символам (так как мы сортировали номера пар на прошлом шаге). Для каждого ребра нам достаточно проверить, что его первый символ соответствует первому символу соседнего ребра, и, если так, сделать необходимые исправления. Может быть, что ребра ко всем детям [math]u[/math] начинаются с одинакового символа, и в этом случае у вершины [math]u[/math] будет только один ребенок. Тогда удалим [math]u[/math]. Эта процедура требует константное время на каждое ребро и константное время на каждую вершину, а значит, на нее требуется линейное время.

Итак, если [math]T(n)[/math] — это время, которое потребуется нашему алгоритму, чтобы построить суффиксное дерево для строки [math]S[/math], то [math]T_{even}[/math] может быть построено за время [math]T(n/2) + O(n)[/math]

Шаг 3: построение нечетного по четному

Определение:

Нечётное дерево [math]T^{odd}_s[/math] является деревом суффиксов для строки [math]s[/math], узлы-листья которого ограничены нечетными позициями [math]1,3,5, \dots [/math] строки [math]s\$[/math].

нечетное дерево

Из чётного дерева нужно получить нечётное дерево (дерево из суффиксов в нечётных позициях).

• Строим по чётному дереву суффиксный массив — это можно сделать за [math]О(n)[/math].
• Дописываем ко всем суффиксам (кроме того, что на нулевой позиции) символ, предшествующий ему в строке.
• Заметим, что все нечетные суффиксы представляют собой один символ, за которым дальше следует четный суффикс. А чётные суффиксы у нас уже были отсортированы в суффиксном массиве. Тогда отсортируем их по первому символу за линейное время.
• Построим из нового суффиксного массива дерево, которое будет уже нечётным, что тоже делается за линейное время.

Таким образом [math]T_{odd}[/math] может быть построено за линейное время по [math]T_{even}[/math].

Шаг 4: слияние четного и нечетного дерева

Слитое дерево (условно)

Слитое дерево (в упрощённом виде)

Далее необходимо найти эффективный способ слияния нечетного и четного деревьев в одно дерево [math]T_s[/math]. Слияние будем производить, начиная с корней деревьев. Предположим, что для каждого узла деревьев [math]T_s^{odd}[/math] и [math]T_s^{even}[/math] выходящие из них ребра занесены в специальные списки, где они упорядочены в возрастающем лексикографическом порядке подстрок, которые представляют эти ребра. Пусть каждое ребро будет дополнительно "помечено" своим первым символом. Возьмем по одному ребру из этих списков с одинаковыми метками (в одном списке не может быть ребер с одинаковыми метками, так как это сжатые суффиксные деревья), обработаем их и рекурсивно спустимся в их поддеревья. Если для ребра из одного списка не оказалось ребра с такой же меткой из другого, то в поддеревья, очевидно, не спускаемся, так как там нечего сливать. Очевидно, манипуляции со списками работают за линейное время, так как сами списки упорядочены лексикографически.

Алгоритм просматривает только первые буквы подстрок, представленных ребрами деревьев [math]T_s^{odd}[/math] и [math]T_s^{even}[/math], пусть это будут буквы [math]\lambda^{odd}[/math] и [math]\lambda^{even}[/math]. Тогда:

• если [math]\lambda^{odd}[/math] [math]\ne[/math] [math]\lambda^{even}[/math], определяется поддерево, соответствующее меньшей из этих букв, и без изменений присоединяется к узлу-родителю;
• если [math]\lambda^{odd}[/math] [math]=[/math] [math]\lambda^{even}[/math] и длины подстрок, представленных соответствующими ребрами, равны, в дерево слияния к текущему узлу добавляются два сына: один — из четного дерева, другой — из нечетного;
• если [math]\lambda^{odd}[/math] [math]=[/math] [math]\lambda^{even}[/math] и длины подстрок, представленных соответствующими ребрами, различны, в дерево слияния к текущему узлу добавляются два узла, находящиеся на одном нисходящем пути, при этом ближайший узел будет соответствовать более короткой подстроке.

Поскольку мы рассматриваем только первый символ каждого ребра (то есть делаем вид, что ребра равны, если первые символы у них равны), мы можем иногда слить рёбра, которые не должны были быть слиты. Однако те, которые надо было слить, точно сольем.

Если начать эту процедуру для корней нечётного и чётного деревьев, она рекурсивно выполнится для корней всех поддеревьев, которые, возможно, уже содержат узлы из нечетного и четного деревьев, поскольку ранее мог быть реализован случай [math]\lambda^{odd}[/math] [math]=[/math] [math]\lambda^{even}[/math]. Так как время манипулирования любым ребром этих деревьев фиксировано, то общее время слияния деревьев составит [math]O(N)[/math].

В результате описанных действий получится дерево [math]M_x[/math], в котором будут присутствовать поддеревья, которые прошли процедуру слияния, и которые ее избежали (то есть были перенесены в дерево [math]M_x[/math] без изменений).

Шаг 5: удаление двойных дуг

откорректированное дерево

пример

Разбираемся с двойными дугами (в примере их три). Для этого мы должны выяснить, сколько начальных символов у них совпадает. Совпадать может любое число символов, даже все. Проверять их все по очереди нельзя (это даст квадратичное время). Если дуги совпадают полностью, тогда ничего не делаем, удаляем одну из копий и всё. Если начало для двух дуг совпадает только частично, тогда нужно делать для них общее начало, а ветки, которые на концах, снова развести по разным деревьям (для этого можно во время слияния запомнить их начальный цвет или просто сохранить ссылки на исходные ветки).

Для примера как это сделать возьмём строку [math]10010010101000[/math]:

Для того чтобы узнать общее начало двойной дуги, нужно взять одну чётную и одну нечётную вершину на дереве, для которых родителем является конец нашей двойной дуги. Например, на рисунке выше двойная дуга [math](1)[/math] (конец помечен зелёным) является общим родителем для вершин [math]3[/math] и [math]6[/math]. Чтобы узнать, на каком расстоянии будет расслаиваться двойная дуга, надо увеличить номера вершин на единицу и найти их родителя. Он будет находиться на единицу ближе к корню (и путь у вершин будет одинаковой строкой, не считая размера). Родитель вершин [math]4[/math] и [math]7[/math] помечен жёлтым, он находится на расстоянии [math]1[/math] от корня, следовательно, дуга [math](1)[/math] должна расслаиваться в двух символах от корня, то есть обе дуги совпадают и их просто надо слить.

Разберём дуги по порядку:

1. расслоение находится на расстоянии [math]2[/math] от корня, то есть дуга не расслаивается.
2. конец является родителем вершин [math]2[/math], [math]7[/math]. Родитель [math]3[/math], [math]8[/math] после слияния дуги [math](1)[/math], находится на глубине [math]2[/math] символа. Значит, дуга [math](2)[/math] расслаивается на глубине [math]3[/math] символа, то есть также не расслаивается. Дугу [math](2)[/math] нужно вычислять после обработки дуги [math](1)[/math], потому что конец дуги [math](1)[/math] после обработки может оказаться на разной высоте, в зависимости от того на каком символе она расслоилась.
3. конец является родителем [math]2[/math], [math]9[/math]. Родитель [math]3[/math], [math]10[/math] находится на расстоянии [math]3[/math], а наше расслоение на расстоянии [math]4[/math], то есть сливается первый символ двойной дуги. Дугу [math](3)[/math] надо вычислять после дуги [math](2)[/math]. Потому что если на дуге [math](2)[/math] появится разветвление, то компоненты дуги [math](3)[/math] придётся растащить по разным веткам дерева и сравнивать их будет не нужно.
4. конец является родителем [math]1[/math], [math]4[/math]. Расслаивается на втором символе.
5. конец является родителем [math]0[/math], [math]3[/math]. Дугу [math](5)[/math] можно обрабатывать только после дуги [math](4)[/math], так как от неё будет зависеть глубина расслоения.

итоговое дерево

Дерево строится рекурсивно, каждый раз длина строки уменьшается вдвое, а все фазы работают линейно. В итоге получается [math] T(n) = T(n / 2) + \Theta (n) = \Theta (n) [/math].

Минусы алгоритма Фарача

Данный алгоритм является больше теоретическим, нежели практическим. Как можно было заметить, основная идея алгоритма довольно проста и понятна. И хоть он и является асимптотически оптимальным, на практике его используют довольно редко. Это связано с тем, что алгоритм весьма сложен для реализации, по сравнению с другими алгоритмами построения суффиксных деревьев, а также требует достаточно большой объем памяти.

См. также

• Сжатое суффиксное дерево
• Алгоритм Укконена
• Суффиксный массив

Источники информации

• Optimal suffix tree construction with large alphabets
• Суффиксное дерево — Алгоритм фарача
• Computing Patterns in Strings
• Chris Parjaszewski's implementation